У 2015 році минуло більше десяти років відтоді, як людство зазнало катастрофічної події, відомої як Другий Зіткнення. За цей час відновлення обрані дізналися про істот, відомих як Ангели - колосальних зловмисних сутностей, які мають намір викликати Третій Зіткнення і знищити решту людства.
Покликаний до міста Токіо-3 своїм батьком Ґендоу Ікарі, підліток Шінджі з головою поринає у боротьбу людства. Розлучений з Ґендоу після смерті матері, Шінджі припускає, що батько хоче відновити їхні зруйновані родинні зв'язки; натомість він дізнається, що його взяли пілотувати гігантську машину, здатну боротися з ангелами, - "Євангеліон-01". Змушений боротися проти хвилі за хвилею найбільшої загрози людства, хлопець опиняється в центрі плану, який може назавжди вплинути на майбутнє людства.
Джерело MyAnimeList