Після тимчасового відступу Визвольної армії Алтани з району Кабукі воєнний стан, здавалося б, покращився. Однак, коли Онівабан, Шінсенгумі та жителі району борються із залишками армії, найбільшого винахідника Едо Генгая Хірагу викрадають. Вірус наномашини Генгая, відповідальний за те, що ворог відступив, зробивши його зброю марною, зараз ризикує бути закритим.

Тим часом лазер, здатний знищити планету, активується на орбіті Землі на кораблі-базі Визвольної армії. Ще один бій починається, коли Шінсуке Такасугі та решта Кіхейтай прибувають на судно, щоб знешкодити зброю. Змушені вести війну на два фронти, Йорозуя та їхні союзники повинні перемогти обидві сторони, щоб врятувати Едо та решту світу.