Коли Ґінтокі затримує кінопірата на прем’єрі, він перевіряє запис камери й потрапляє в похмуру, постапокаліптичну версію Едо, де таємнича епідемія під назвою «Біла чума» спустошила населення світу. Зрештою, виявляється, кінопірат не був піратом — це була андроїдна машина часу, а Ґінтокі потрапив на п’ять років у майбутнє! Шінпачі та Кагура, його когорта Йорозуя, посварилися і тепер загартовані в боях месники одиночки, а сам він пропав безвісти протягом багатьох років, зникнувши безслідно після того, як написав дивне повідомлення у своєму щоденнику. Використовуючи маскування, надане йому андроїдною машиною часу, Ґінтокі випадково об’єднує команду Йорозуя для розслідування Білої чуми, і незабаром виявляє, що ключ до порятунку майбутнього лежить у темряві його власного минулого. Сповнений рішучості протистояти могутньому ворогу, він робить важливе відкриття — з групою друзів і союзників на його боці йому не потрібно воювати самому.