Після однорічної перерви Шімпачі Шімура повертається в Едо, але натрапляє на приголомшливий сюрприз: Ґінтокі та Кагура, його колеги з Йорозуї, стали абсолютно іншими людьми! Розгублений Йорозуя тікає зі штаб-квартири, Шінпачі виявляє, що всі жителі Едо зазнали неймовірно екстремальних змін, як у зовнішності, так і в особистості. Найнеймовірніше, але його сестра Отае вийшла заміж за вождя Шінсенгумі та безсоромного сталкера Ісао Кондо і вагітна їхнім первістком. Спантеличений Шінпачі погоджується приєднатися до Шінсенгумі на прохання Отае та Кондоу й виявляє ще більш приголомшливі зміни як у лавах організації, так і поза нею. Однак, виявивши, що заступник начальника Тошіро Хіджіката залишився незмінним, Шінпачі та його малоймовірний союзник Шінсенгумі вирішили повернути місто Едо таким, яким вони його пам’ятають. З ще більшою кількістю брудних жартів, злих пародій і безсоромних відсилок, Джінтама слідкує за командою Йорозуя через інші їхні нещастя в яскравому, наповненому інопланетянами світі Едо.