Події другого сезону беруть свій початок на тому моменті, яким завершився перший: війна Святого Ґрааля в самому розпалі, з гри вийшов лише один учасник, проте головний герой - Емія Шіро, втратив свого слугу. Чи зможе Шіро повернутися до бою? Відповідь на це, та багато інших питань і готує нам новий сезон.