У Міністерстві науки палкий професор Очяномідзу разом зі своїми колегами намагаються відновити роботу Атома — першого робота з людським серцем. Атом — це шедевр загадкового професора Темми Уматаро, який створив андроїда замість свого померлого сина Тобіо. Однак, хоча Темма незрозумілим чином закрив своє дітище та зник, Очяномідзу відмовляється дозволити такому великому прориву в науці пропасти даремно.

Незважаючи на зовнішність дев’ятирічного, Атом не тільки володіє неймовірною силою та розумом, але також наділений дивовижною совістю та співчуттям, які не поступаються людям. На жаль, механічний хлопчик незабаром стикається з відмовою суспільства та дізнається, що не всі такі привітні, як Очяномідзу. Попри те, що роботи інтегрувалися в суспільство, вони сприймаються лише як інструменти і навіть розглядаються як майбутня загроза пануванню людства.

Мріючи про світ, де люди й роботи зможуть процвітати разом, Атом присвячує своє існування захисту життя обох і надихає їх на створення справжніх дружніх зв’язків.

Джерело MyAnimeList